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南京市疾病预防控制中心成立于2001年6月，是由原市卫生防疫站、市职防所、市血防医院、市皮防所、市健教所、市结防所等六家单位合并组建而成的公益性事业单位。2012年3月，职业病、皮肤病防治等职能从市疾病预防控制中心剥离，现在南京市疾控中心主要承担传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；健康危害因素监测与干预；疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；健康教育与健康促进；疾病预防控制技术管理与应用研究等。同时还是全市基本公共卫生服务技术指导中心和食品安全风险监测市级中心。
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